In maart 2017 is de nieuwe Controleverordening gepubliceerd. Dit is een parapluwetgeving waarbij meer dan honderd lagere wetgevingen moeten worden uitgewerkt. Dit totaalpakket moet in december 2019 zijn geïmplementeerd. Belangrijkste wijzigingen zijn de uitbreiding van de scope met integriteit, fraude, plantgezondheid en gebruik gewasbeschermingsmiddelen naast voedselveiligheid. 

De Europese Commissie kan bij import minimale controlefrequenties vaststellen onder andere bij residuen en plantgezondheid voor specifieke producten en vanuit bepaalde herkomsten door middel van uitvoeringshandelingen. Dit kan een enorme impact hebben op de te controleren volumes en de logistieke processen. Onduidelijk is nog welke criteria worden gehanteerd bij het vaststellen van de frequenties van de document-, overeenstemmings- en materiële controles en de aansluiting bij de automatisering. 

De overheid heeft onder leiding van het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit een werkgroep in het leven geroepen om de inzet van Nederland bij de wetgeving te stroomlijnen. GroentenFruit Huis oefent druk uit om meer te worden betrokken bij de uitwerking. Nieuwe wetgeving biedt een kans om processen te verbeteren en te optimaliseren.